H. marginatus có phạm vi phân bố rộng khắp vùng biển Ấn Độ Dương và Thái Bình Dương. Ở Ấn Độ Dương, loài này được tìm thấy dọc theo bờ biển Đông Phi; khắp bờ biển bán đảo Ả Rập; cực nam Ấn Độ và các đảo lân cận. Ở Thái Bình Dương, loài này được tìm thấy rộng khắp vùng biển Đông Nam Á; phía bắc đến miền nam Nhật Bản; phía đông bao gồm các đảo thuộc Micronesia, Melanesia và Polynesia; phía nam trải dài ở hai bờ biển đông và tây của Úc. Một mẫu vật của H. marginatus được thu thập ở đảo Hawaii. H. marginatus sống xung quanh những rạn san hô ở vùng đáy cát ở độ sâu khoảng 30 m trở lại[1][2].